Dacă activarea răspunsului imun este benefică pentru a combate infecțiile și cancerul, există și situații în care tocmai acțiunea exagerată a sistemului imunitar, care atacă structuri normale ale organismului, stă la baza bolii. Este vorba de afecțiunile autoimune, cum sunt poliartrita reumatoidă și spondilita anchilozantă în reumatologie și rectocolita ulcerohemoragică și boala Crohn în gastroenterologie.
Scăderea răspunsului imun și, în consecință a inflamației, în aceste situații, este privită ca o soluție viabilă de zeci de ani, de când s-au introdus corticoterapia și medicamentele imunosupresoare, cum este azatioprina, în tratamentul acestor pacienți. Terapia biologică reprezintă o soluție pentru pacienții cu forme severe de boală care nu răspund la terapia clasică.
Este vorba de anticorpi monoclonali care blochează factorul de necroză tumorală (TNF), cum sunt infliximab și adalimumab, dar și proteine care împiedică legarea TNF de receptorii săi, cum este etanercept. Alte tratamente, cum este anakira, inhibă acțiunea interleukinelor, având același obiectiv, de a scădea intensitatea răspunsului imun.